국가연구개발사업에 참여한 기업이나 기관은 과제의 각 단계가 끝나면 연구개발비를 정산합니다. 정산 결과에 따라 쓰지 않은 금액과 기준에 맞지 않게 쓴 금액은 반납해야 하므로, 기한과 인정 기준을 미리 알아 두시는 편이 좋습니다. 이 글은 2026년 11월 현재 시행 중인 국가연구개발혁신법과 같은 법 시행령, 과학기술정보통신부 고시 「국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준」 원문을 기준으로 정리했습니다.
연구비 정산은 어떤 법과 기준을 따르나요
연구개발비는 직접비와 간접비로 구성됩니다. 직접비는 개별 과제에서 직접 산출할 수 있는 비용이고, 간접비는 여러 과제에 공통으로 드는 비용입니다. 연구개발기관은 과학기술정보통신부장관이 고시하는 연구개발비 사용 기준에 따라 연구개발비를 계상·사용해야 하고, 통합정보시스템을 통해 사용·관리해야 합니다.[1]
시행령은 과제마다 통합정보시스템에 별도 계정을 만들고 그 계정과 연결된 연구개발비카드를 발급받도록 정하고 있습니다. 지출은 연구개발비카드나 계좌이체로 하고, 지출마다 근거가 되는 증명자료를 갖추어야 합니다.[2]
사용 기준은 연구비통합관리시스템을 한국연구재단이 운영하는 통합이지바로(통합Ezbaro)와 한국산업기술기획평가원이 운영하는 통합알시엠에스(통합RCMS)로 정의합니다.[3] 과제 접수부터 사후관리까지의 과제 관리 업무는 범부처통합연구지원시스템(IRIS)의 R&D 업무포털에서 이루어집니다.[5]
정산 절차와 기한
정산은 연구개발기관의 보고와 중앙행정기관의 검토로 나뉩니다. 연구개발기관은 매년 사용내역을 보고하고, 단계가 끝나면 사용실적보고서를 냅니다. 중앙행정기관은 단계 종료일부터 3개월 이내에 정산을 실시하고 결과에 따라 연구개발비를 회수할 수 있습니다.[1][2]
| 단계 | 기한 |
|---|---|
| 사용내역 입력(일괄지급 과제) | 카드 결제대금 이체일 또는 사용일부터 5일 이내 |
| 연도별 사용내역 보고 | 연도별 연구개발기간 종료 후 1개월 이내 |
| 사용실적보고서 제출 | 각 단계가 끝나는 날부터 3개월 이내 |
| 회수 금액 반납 | 회수 통보를 받은 날부터 1개월 이내 |
| 정산 이의신청(1회) | 회수 통보를 받은 날부터 1개월 이내 |
| 증명자료 보관 | 과제(단계) 종료 후 5년 |
정산 방법은 두 가지입니다. 원칙은 사용실적보고서의 사용용도와 실적이 시행령의 사용용도와 사용 기준에 맞는지 검토하는 방법입니다. 기본사업 과제, 연구지원체계평가 결과가 우수한 기관의 과제, 자체 정산 역량을 인정받은 기관의 과제 등은 보고서 제출 여부를 확인하는 방법으로 정산할 수 있습니다.[2] 사용 기준은 연차별 연구개발비 평균이 5천만원 미만인 소액 과제 중 보고서를 정당한 사유 없이 기한 안에 내지 않은 과제, 국회·감사원 등의 외부 지적사항이 있는 과제 등을 그 달 종료 소액 과제 수의 15퍼센트 범위에서 선별해 정산한다고 정하고 있습니다.[3]
보고서를 기한 안에 내지 않으면 중앙행정기관은 연구비통합관리시스템에 입력된 사용내역으로 사용실적보고서를 갈음할 수 있습니다.[3] 시스템 입력이 늦거나 빠진 내역이 있으면 그대로 정산에 쓰일 수 있다는 뜻입니다.
회계감사 의견서는 누가 작성하나요
사용 기준 제80조 제7항은 사용실적보고서를 낼 때 별지 제5호 서식의 자체 회계감사 의견서를 함께 내도록 정하고 있습니다. 자체규정으로 연구개발비를 계상했다면 그 자체규정도 함께 냅니다. 현물로 부담한 연구개발비가 있으면 별지 제6호 서식의 현물부담 확인서도 제출합니다.[3]
별지 제5호 서식에는 발생이자 반납액, 자체 회계감사에 따른 반납액, 비목별 부적정 사용 금액을 적고, 회계감사부서장과 연구개발기관장이 서명합니다.[3] 국가연구개발혁신법과 시행령, 사용 기준 원문에는 보조금처럼 금액 기준으로 외부 감사인의 검증을 받도록 한 조항이 없습니다. 보조금의 감사인 검증 기준은 보조금 검증보고서 대상 정리에 따로 적어 두었습니다. 개별 사업의 협약서나 운영 규정이 별도 검토를 요구하는지는 협약 단계에서 확인하시기 바랍니다.
정산에서 인정되지 않는 비용
사용 기준은 연구개발비로 계상해서는 안 되는 비용과 사용 시기, 결제 방법을 직접 정하고 있습니다. 정산에서는 이 기준에 맞게 쓴 금액만 적정하게 사용한 연구개발비로 인정합니다.[3]
| 구분 | 내용 |
|---|---|
| 환급 가능 세금 | 환급받을 수 있는 관세·부가가치세 등(환급받지 않은 경우도 해당) |
| 유흥성 비용 | 주류 등 유흥성 비용 |
| 중복계상 | 같은 비용의 2회 이상 계상, 현금·현물 중복, 직접비·간접비 중복 |
| 인건비 중복 | 한 과제에서 같은 참여연구자에게 같은 기간 인건비와 학생인건비를 함께 계상 |
| 내부 거래 | 기관 내부 또는 같은 과제 수행기관 사이의 비용(고시가 정한 예외 제외), 구분이 불명확한 계열사 간 비용 |
| 사용 시기 | 연구개발기간 종료일 이후 사용한 비용(보고서 발간비·연구수당 등 예외 제외) |
| 결제 방법 | 연구비카드·계좌이체가 아닌 현금 사용(불가피한 경우 제외) |
| 부당회수 | 사용한 연구개발비를 돌려받거나 인건비를 지급하지 않거나 회수하는 행위 |
연구시설·장비와 연구재료는 자체규정에 따라 구매·검수해야 하고, 연구개발비 사용을 입증할 증명자료를 갖추어야 합니다.[3] 증명자료가 빠진 지출은 정산에서 소명이 어려워지므로 지출할 때마다 시스템에 함께 등록해 두시는 편이 안전합니다. 연구개발비 사용계획의 총액이나 연도별 정부지원·기관부담 연구개발비를 바꾸려면 중앙행정기관의 사전 승인을 받아야 합니다.[3]
정산 결과 회수되는 금액
시행령 제26조 제5항은 정산 결과에 따라 회수할 금액을 정하고 있습니다.[2]
- 직접비 사용 잔액
- 사용용도와 사용 기준을 위반해 사용한 연구개발비 전액
- 직접비 집행비율이 100분의 50 이하인 과제에서 간접비 집행비율이 직접비 집행비율을 넘은 경우 계산식에 따른 금액
- 협약이 해약된 경우 간접비 사용 잔액
- 연구개발기관이 중소기업, 중견기업, 그 밖의 기업(공기업 제외)인 경우 간접비 사용 잔액
- 기관부담연구개발비 중 연구개발기관이 부담하지 않은 금액에 상응하는 금액
정부지원연구개발비에서 생긴 이자도 원칙적으로 국고에 납입하고, 승인을 받은 경우에만 정해진 용도로 쓸 수 있습니다.[2] 회수 금액을 통보받으면 1개월 이내에 반납하고, 결과에 이의가 있으면 같은 기간 안에 별지 제7호 서식으로 한 번 이의신청을 할 수 있습니다.[3]
정산 준비자료와 진행 순서
정산은 단계 종료 뒤에 시작하지만 준비는 과제 기간 중에 해 두시는 편이 수월합니다. 아래 순서로 정리하시면 됩니다.
- 협약서·연구개발계획서와 사전 승인 받은 변경 내역을 모읍니다.
- 연구비통합관리시스템의 사용내역과 증명자료 등록 상태를 확인합니다.
- 계상 불가 항목에 해당하는 지출이 있는지 점검합니다.
- 사용실적보고서와 자체 회계감사 의견서, 해당하면 자체규정과 현물부담 확인서를 준비합니다.
- 단계 종료일부터 3개월 이내에 제출하고, 증명자료는 5년간 보관합니다.
기한 계산표와 준비자료·계상 불가 점검표는 아래 첨부한 엑셀에 정리했습니다. 정산 일정이 촉박하거나 자체 회계감사 의견서 작성이 부담되시면 사업비정산 서비스 안내에서 진행 방식을 확인하실 수 있습니다.
