중소기업 매각 절차 — 준비부터 거래종결까지 단계별 자료, 주식 양도 세금, 기업결합신고

회사를 팔기로 정한 오너가 먼저 묻는 것은 대개 두 가지입니다. 얼마에 팔리는지, 그리고 세금을 내고 나면 얼마가 남는지입니다. 두 질문에 답하려면 매각이 어떤 순서로 진행되는지부터 알아야 합니다. 이 글은 개인 주주가 비상장 중소기업 주식을 파는 경우를 기준으로, 단계별로 매도자가 준비할 자료와 거래종결 때 챙길 세금·신고를 2026년 11월 2일 현행 법령으로 정리했습니다.

매각 절차 한눈에 보기

거래마다 차이는 있지만 흐름은 대체로 아래와 같습니다. 단계가 겹치기도 하고, 매수자가 먼저 제안해 오면 1·2단계를 짧게 거치기도 합니다.

단계별 자료와 실사 자료요청 목록은 아래 자료 블록의 엑셀 파일에 정리해 두었습니다.

준비 단계 — 장부 정리와 기업가치 산정

매각 준비의 대부분은 장부 정리입니다. 매수자는 재무제표를 보고 가격을 정하고, 실사에서 그 재무제표가 맞는지 확인합니다. 준비 단계에서 정리하지 않은 항목은 실사에서 가격 인하나 계약상 보상 조항으로 돌아옵니다. 미리 확인할 항목은 다음과 같습니다.

• 가지급금·가수금 잔액과 정리 계획
• 장부에 반영되지 않은 매출·비용, 대표이사 개인 비용의 회사 처리 여부
• 퇴직급여충당금 부족분과 미지급 연차수당
• 특수관계자와의 거래, 대표이사 개인 보증·담보
• 주요 거래처 계약서의 지배권 변경 조항(주주가 바뀌면 상대방이 계약을 해지할 수 있는지)

기업가치 산정은 협상에서 쓸 가격 범위를 정하는 일입니다. 일회성 손익을 걷어내고, 대표이사 급여처럼 거래 후 달라질 항목을 조정한 이익을 기준으로 삼는 경우가 많습니다. 이 단계에서 주식을 넘길지, 사업 일부만 넘길지도 함께 정합니다. 거래 방식에 따라 세금 구조가 달라지기 때문입니다. 가치평가와 실사를 어떻게 진행하는지는 M&A 자문 영역에 적어 두었습니다.

매수 후보 접촉, 비밀유지약정, LOI

매수 후보에게는 처음부터 회사명을 밝히지 않습니다. 업종, 지역, 매출 규모 정도만 담은 익명 요약자료(티저)로 관심을 확인하고, 관심을 보인 곳과 비밀유지약정(NDA)을 맺은 뒤에 실명과 상세 자료를 엽니다. 비밀유지약정에는 제공 자료의 범위, 임직원과 거래처 접촉 금지, 협상이 깨졌을 때 자료 반환·파기를 넣습니다. 매각 사실이 직원과 거래처에 알려지는 시점을 매도자가 정할 수 있게 하기 위해서입니다.

의향서(LOI)는 가격 범위, 거래 구조, 일정, 배타적 협상기간을 정리한 문서입니다. 대부분의 조항은 법적 구속력을 두지 않지만, 비밀유지와 배타적 협상 조항은 구속력을 두는 경우가 많습니다. 배타적 협상기간에는 다른 후보와 협상할 수 없으므로 기간과 연장 조건을 확인한 뒤 서명합니다.

실사와 주식매매계약(SPA)

실사는 매수자가 회사의 재무·세무·법률 상태를 확인하는 절차입니다. 매수자가 자료요청 목록을 보내면, 매도자는 자료를 모아 가상 데이터룸(VDR)이나 공유 폴더로 제공합니다. 요청 목록은 매수자마다 다르지만 재무제표와 계정별 원장, 세금 신고서, 급여대장, 주요 계약서, 소송 현황은 거의 빠지지 않습니다. 매수자 쪽에서 실사를 어떻게 보는지는 투자·인수 실사에 정리해 두었습니다.

주식매매계약(SPA)에서는 실사에서 나온 사항이 가격 조정과 진술보장 조항으로 옮겨집니다. 매도자가 확인할 조항은 진술보장의 범위와 존속 기간, 손해배상 한도, 대금 지급 방식(한 번에 받는지, 일부를 유보하거나 나누어 받는지), 거래종결 선행조건입니다. 실사에서 이미 드러난 사항은 공시목록에 적어 두어야 거래 후 진술보장 위반을 두고 다투는 일을 줄일 수 있습니다.

거래종결 — 주식 양도 세금과 기업결합신고

개인 주주가 비상장 중소기업 주식을 팔면 양도소득세, 개인지방소득세, 증권거래세가 붙습니다. 2026년 11월 2일 현행 세율은 다음과 같습니다.

비상장법인의 대주주는 직전 사업연도 종료일 현재 본인과 특수관계인의 지분율 합계가 4% 이상이거나, 보유 주식의 시가총액이 10억원 이상인 주주입니다.^[2] 회사를 파는 오너는 대부분 여기에 해당합니다. 증권거래세의 과세표준은 원칙적으로 양도가액이며, 시가보다 낮게 양도한 것으로 인정되면 시가가 기준이 됩니다.^[6] 금융투자업자를 통하지 않고 직접 양도하면 양도자가 납세의무자입니다.^[7]

신고 기한은 두 세금이 같습니다. 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 안에 양도소득세 예정신고^[4]와 증권거래세 신고^[7]를 합니다. 상반기에 양도하면 8월 말까지입니다.

매수자 규모가 크면 공정거래위원회 기업결합신고도 일정에 들어옵니다. 자산총액 또는 매출액이 3천억원 이상인 회사(또는 그 특수관계인)가 300억원 이상인 회사의 발행주식총수 20% 이상을 취득하는 경우 등이 신고 대상이고, 300억원 이상인 회사가 3천억원 이상인 회사의 주식을 취득하는 반대 방향도 같습니다.^[8][9] 상대회사가 300억원에 못 미쳐도 거래금액과 국내 활동 수준이 법령 기준에 해당하면 신고 대상이 될 수 있습니다.^[8] 신고는 원칙적으로 기업결합일부터 30일 이내에 하지만, 당사회사 중 자산총액 또는 매출액 2조원 이상인 대규모회사가 있으면 계약 체결 후 기업결합일 전에 신고하고, 심사결과를 통지받기 전에는 주식 취득을 이행할 수 없습니다.^[8][9] 신고 의무는 주로 매수자 쪽에 있지만 거래종결일이 여기에 맞춰 정해지므로, 매도자도 SPA 선행조건으로 확인해 둡니다.

공공 경로와 실무 요약

매수 후보를 찾는 공공 경로로는 중소벤처24 안의 중소·벤처기업 M&A 정보망이 있습니다. 2026년 11월 2일 현재 한국벤처캐피탈협회가 운영기관이며, 정보망에 등록된 자문기관과 M&A 자문계약을 맺은 매도기업 중 3년 평균매출액 400억원 이하인 중소기업은 기업가치평가 수수료의 40%를 1,500만원 한도에서 지원받을 수 있습니다. 벤처기업은 60%, 한도 2,000만원입니다.^[10] 같은 사이트 자료실에는 M&A 가이드북과 계약서 양식이 올라와 있습니다.

정리하면 다음 순서로 준비합니다.

• 매각을 정하기 전: 최근 3개년 재무제표를 놓고 가지급금, 장부 밖 항목, 퇴직급여 부족분을 정리합니다.
• 후보 접촉 전: 가격 범위와 거래 방식을 정하고, 익명 요약자료와 비밀유지약정서를 준비합니다.
• LOI 서명 전: 배타적 협상기간과 구속력 있는 조항을 확인합니다.
• 실사 중: 자료요청 목록에 맞춰 자료를 내고, 드러난 문제는 공시목록에 적습니다.
• SPA 체결 전: 진술보장, 손해배상 한도, 대금 지급 방식, 기업결합신고 대상 여부를 확인합니다.
• 거래종결 후: 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 안에 양도소득세 예정신고와 증권거래세 신고를 합니다.

매각 자문을 맡는 회계사 소개는 대표 소개에 있습니다.